創薬 Advent Calendar (DRY side) ５日目記事
10 月末から SAMPL7 というフラグメントスクリーニングの予測イベントが開催されている。合計３つのステージから成り、現在ステージ２が開始となったので簡単に紹介しておく。細則については 日本語翻訳 も用意しておいたので適宜参照されたい。
ステージ２の課題は、ステージ１終了と共に開示された PHIP2 ブロモドメイン結合フラグメント化合物の結合様式 (binding pose) の予測である。参加者に与えられている情報は、PHIP2 のアポ構造の 座標データ と、45 個の結合フラグメントの SMILES 情報 となっている。それらを用いて各自 好きな手法で各フラグメントの結合様式を予測し、精度を競うこととなる。
純粋に上記の立体構造情報と化合物情報だけで予測を行ってもよいが、ほかにも使えそうな既知の情報がある。PHIP2 のフラグメントスクリーニングに関しては、実は SAMPL7 運営チーム関係者らが 2016 年に報告している 論文 があり、そこで発見された結合フラグメントとその複合体構造が示されている。それら PDB ファイルはまとめて レポジトリ に放り込んでおいたので、結合様式予測の参考にして頂いてもよいかもしれない。ただし、今回の SAMPL7 で使われている PHIP2 の結晶とは空間群が異なり、必ずしもそのまま参考にして上手く行くとは限らないので注意が必要だ。
ドッキング、分子動力学シミュレーション、ファーマコフォアマッチングなど、各自が好きな手法で予測すればよい。例えばステージ１でドッキングによって精度良く結合フラグメントを予測できた参加者であれば、ステージ１での計算結果をそのままステージ２に流用することも可能かもしれない。
【図】PDB: 5ENB, 5ENC, 5ENE, 5ENF, 5ENH, 5ENI, 5ENJ の重ね合わせ（平行法ステレオ図）
なお、結合様式予測においては化合物の構造の３次元化がまず必要だが、今回用いられているフラグメントライブラリ化合物群は全て PubChem 登録化合物であり、OpenEye OMEGA によって３次元化済みのデータがダウンロード可能である。
ステージ２の予測対象の 45 化合物について３次元化構造を抜き出した SDF ファイルを作成したので 置いておく。
日本時間で 12/13 (金) 17 時が〆切だ。あと１週間しかないが、楽しんでやってみよう！