souyakuchan

diamond | Coronavirus Science

Diamond Light Source (英国国立シンクロトロン施設) 主催の COVID-19 治療薬開発イベント 日本語訳

Main protease structure and XChem fragment screen

要約

COVID-19 と闘うための世界的な取り組みに貢献すべく、Diamond は COVID-19 の創薬標的である SARS-CoV-2 メインプロテアーゼ (Mpro) の立体構造を高解像度で解くことに 成功 (PDB ID: 6YB7) し、フラグメントスクリーニング部門 XChem (X-ray structure-accelerated, synthesis-aligned fragment medicinal chemistry) にて大規模な結晶学的フラグメントスクリーンを完了した（詳細後述）。データは PDB に登録されているが、我々はここのページでも結果を即座に世界に向けて 公開 し、現在進行中の更なる作業についてのアップデートを継続的にここに投稿する。

この仕事は、驚きの速さで Mpro と共有結合性阻害剤との複合体の結晶構造（分解能 2.16 Å）を解き今年１月にリリースされた Zihe Rao 教授らの成果（6LU7, [論文](https://www.biorxiv.org/content/10.1

souyakuchan

SAMPL7 ステージ３

創薬 Advent Calendar (DRY side) 16 日目記事

10 月末から SAMPL7 というフラグメントスクリーニングの予測イベントが開催されている。合計３つのステージから成り、現在ステージ３が開始となったので簡単に紹介しておく。細則については 日本語翻訳 も用意しておいたので適宜参照されたい。

やること

ステージ３の課題は、ステージ１で結合フラグメントを予測しステージ２でその結合様式を予測した PHIP2 ブロモドメインを標的として、今度は新たな大規模化合物ライブラリから新規結合化合物を見出すことである。ステージ１では 799 個のフラグメント化合物を含むライブラリから結合フラグメントを予測したわけだが（正解のフラグメントヒット数は 46/799 個だった）、ステージ３では 4000 万個以上の化合物を含む大規模ライブラリから結合する化合物を探し出すこととなる。事前にステージ１･２で見出された 46 個のフラグメントヒットよりも更に結合親和性が強いものを見出すことが期待されており、参加者はそのつもりでバーチャルスクリーニングを実施しよう。参加者に与えられている情報は、PHIP2 と各フラグメントヒットの複合体構造の 座標データ と、4000 万化合物以上を含むライブラリの SMILES 情報 となっている。それらを用いて各自 好きな手法で新規結合化合物を予測･提出し、最終的に SAMPL7 運営チームが結晶ソーキング法によるスクリーニングアッセイを実施し実際に結合が評価される。

souyakuchan

SAMPL7 ステージ２

創薬 Advent Calendar (DRY side) ５日目記事

10 月末から SAMPL7 というフラグメントスクリーニングの予測イベントが開催されている。合計３つのステージから成り、現在ステージ２が開始となったので簡単に紹介しておく。細則については 日本語翻訳 も用意しておいたので適宜参照されたい。

やること

ステージ２の課題は、ステージ１終了と共に開示された PHIP2 ブロモドメイン結合フラグメント化合物の結合様式 (binding pose) の予測である。参加者に与えられている情報は、PHIP2 のアポ構造の 座標データ と、45 個の結合フラグメントの SMILES 情報 となっている。それらを用いて各自 好きな手法で各フラグメントの結合様式を予測し、精度を競うこととなる。

souyakuchan

創薬レイドバトル 2018: 腫瘍免疫回避機構 討伐戦

Drug Discovery Raid Battle 2018 presented by souyakuchan @ Social Drug Discovery Project.
Assays will be conducted in collaboration with Namiki Shoji Co., Ltd. and Enamine Ltd.

候補化合物リスト提出フォーム
化合物ライブラリ（SDF ファイル）
標的: PD-1/PD-L1 タンパク質–タンパク質間相互作用
※ 当記事は必要に応じて随時更新されます。