Check post type before modifying upload directory in EDD FES (v2.2.9.5).

edd-fes.old.php

$override_default_dir = apply_filters('override_default_fes_dir', false );
if ( function_exists( 'edd_set_upload_dir' ) && !$override_default_dir ) {
	add_filter( 'upload_dir', 'edd_set_upload_dir' );
}
else if ( $override_default_dir ){
	add_filter( 'upload_dir', 'fes_set_custom_upload_dir' );
}

edd-fes.php

if ( ! empty( $_REQUEST['post_id'] ) && 'download' == get_post_type( $_REQUEST['post_id'] ) ) {
	$override_default_dir = apply_filters('override_default_fes_dir', false );
	if ( function_exists( 'edd_set_upload_dir' ) && !$override_default_dir ) {
		add_filter( 'upload_dir', 'edd_set_upload_dir' );
	}
	else if ( $override_default_dir ){
		add_filter( 'upload_dir', 'fes_set_custom_upload_dir' );
	}
}