nav_scroll_to.js

$(function(){
    $('nav#main a, nav#foo a').click(function(){
        var where = $(this).attr('href')
       
        if ( where == '#top') {
            var slideto = '0'
        } else {
            var slideto = $(where).offset().top
        }
       
        $('html:not(animated), body:not(animated)').animate({scrollTop: slideto }, 'slow')

        return false
    })
})

Donde insertas los anchors en el cuerpo del HTML.

no está insertando anchors, está asignando un evento 'onclick' a los anchors, y haciendo una animación slide.

basicamente necesitas un html como esto,

<a href="#misection"></a>

<div id="section1"></div>
<div id="misection"></div>
<div id="otrasection"></div>

Cada que alguien da click en un enlace el js actua lee el href y te lleva al div que tiene ese id. en este caso el primer anchor te llevaria al div que tiene como id misection