情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大田達郎 t.ohta@dbcls.rois.ac.jp
prepared for AJACS岩手
December 5, 2014
echo "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmGm12878HMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmH1hescHMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHepg2HMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHmecHMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHsmmHMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHuvecHMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmK562HMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmNhekHMM.bed.gz | |
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmNhlfHMM.bed.gz" \ | |
> chromhmm-files.txt |
/* | |
This is an example of a golang gzip writer program, | |
which appends data to a file. | |
*/ | |
package main |
""" | |
split a single fastq file in to random, non-overlapping subsets | |
arguments: | |
+ fastq file | |
+ number of splits | |
+ number of reps | |
e.g.: | |
python fq.split.py input.fastq 3 4 |
import java.io.File | |
import net.sf.samtools.SAMFileReader | |
import net.sf.samtools.SAMFileWriter | |
import net.sf.samtools.SAMFileWriterFactory | |
import net.sf.samtools.SAMRecord | |
import net.sf.samtools.SAMRecordIterator | |
import net.sf.samtools.SAMFileReader.ValidationStringency | |
object BamReader { |
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大田達郎 t.ohta@dbcls.rois.ac.jp
prepared for AJACS岩手
December 5, 2014
library('GenomicRanges') | |
library('derfinderData') | |
library('rtracklayer') | |
library('devtools') | |
## Find some bigwigs | |
bw <- dir(system.file('extdata', 'A1C', package = 'derfinderData'), full.names = TRUE) | |
## Regions to import | |
gr <- GRanges(c('chr21', 'chr21'), IRanges(c(9481564, 9963234), width = 1000)) |
Mac では Chrome や Safari の Proxy 設定は接続環境(Wi-Fi や Ethernet など)に紐付いて設定できるシステム設定に依存している。
これらを GUI で設定する際に、Wi-Fi や Ethernet のならば proxy.pac(自動プロキシ構成スクリプト)を設定できるが、
USB テザリング(今回は iPhone USB
というデバイス名)や Bluetooth テザリングの場合設定が出てこない。
今回は、これらを CUI で設定する方法を紹介する。パラメータ次第では、 proxy.pac だけではなく通常の proxy も変更できる。
ちなみに、Bluetooth テザリングの場合 Wi-Fi の設定を見ているようで、下記設定をしなくても Wi-Fi が On で Proxy 設定がされていればそちらを見る模様。
import argparse | |
import numpy as np | |
from chainer import Variable, FunctionSet, optimizers, cuda | |
import chainer.functions as F | |
import cv2 | |
import random | |
import cPickle as pickle | |
import sys | |
class ConvolutionalAutoencoder(FunctionSet): |