TamaDP

./digester.pl -e t all_orf_pred_peptides.fasta > all_orf_pred_peptides_fixed_trypsin.fasta;
./digester.pl -e k all_orf_pred_peptides.fasta > all_orf_pred_peptides_fixed_lys_c.fasta;
./digester.pl -e r all_orf_pred_peptides.fasta > all_orf_pred_peptides_fixed_arg_c.fasta;
./digester.pl -e e all_orf_pred_peptides.fasta > all_orf_pred_peptides_fixed_glu_c.fasta;

TamaDP

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;

my (@proteins, @peptides);
my ($protein, $i, $j);
@proteins = qw(
    DAAAAATTLTTTAMTTTTTTCKMMFRPPPPPGGGGGGGGGGGG
    ALTAMCMNVWEITYHKGSDVNRRASFAQPPPQPPPPLLAIKPASDASD
    DAAAAATTLTTTAMTTTTTTCK

TamaDP

#!/usr/bin/env perl
######################################################################################
## enzyme_digestion.pl
#######################################################################################
use warnings;
use strict;
use diagnostics;

#Defining user options
use vars qw($opt_t $opt_l $opt_a $opt_v $opt_c $opt_h);