Created
April 27, 2018 08:40
-
-
Save alperyilmaz/f0b13d32609f3fe4bac484c283b0b38e to your computer and use it in GitHub Desktop.
bowtie test
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| $ docker run --rm -v $(pwd)/data2:/data comics/bowtie2 wgsim -e 0 -N 10000 -1 300 -2 300 -r 0 -R 0 /data/s_cerevisiae.fa /data/sample_seq_1.fastq /data/sample_seq_2.fastq | |
| [wgsim] seed = 1524818001 | |
| [wgsim_core] calculating the total length of the reference sequence... | |
| [wgsim_core] 18 sequences, total length: 12162995 | |
| $ ls -alh data2 | |
| total 25M | |
| drwxr-xr-x 2 alper alper 4.0K Apr 27 11:32 . | |
| drwxr-xr-x 4 alper alper 4.0K Apr 27 11:31 .. | |
| -rw-r--r-- 1 root root 6.2M Apr 27 11:33 sample_seq_1.fastq | |
| -rw-r--r-- 1 root root 6.2M Apr 27 11:33 sample_seq_2.fastq | |
| -rw-r--r-- 1 alper alper 12M Apr 27 11:31 s_cerevisiae.fa | |
| $ head GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.fna | |
| >NC_000001.11 Homo sapiens chromosome 1, GRCh38.p12 Primary Assembly | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN | |
| NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN |
docker run --memory 5g --rm -v A:\Homosapiens:/data alperyilmaz/bowtie2-samtools bowtie2 -
x hg18 -1 h.sapiens_seq_1.fastq -2 h.sapiens_seq_2.fastq -S output1.sam
Killed
(ERR): bowtie2-align exited with value 137
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment
Satırların birinde
hg18.1.bt2ldosyası için sorgu yapıyor, ama bulamıyor. Bunun için mi öldürülüyor yoksa başka bir sorun mu var, tam kesin değil..bt2lsorunu için önerilen çözüm bowtie2'nin eski sürümlerini (< v2.2.8) kullanmak.Ama ben hala memory sorunundan şüpheleniyorum, Docker for Windows Hyper-V üzerinden çalıştığı için RAM'ın hepsini kullandırtmıyor diye belirten forum yazıları var.
İlk önce memory meselesini deneyelim: Docker'a 5gb memory kullanmasını söyleyelim