創薬 Advent Calendar (DRY side) 16 日目記事
10 月末から SAMPL7 というフラグメントスクリーニングの予測イベントが開催されている。合計3つのステージから成り、現在ステージ3が開始となったので簡単に紹介しておく。細則については 日本語翻訳 も用意しておいたので適宜参照されたい。
ステージ3の課題は、ステージ1で結合フラグメントを予測しステージ2でその結合様式を予測した PHIP2 ブロモドメインを標的として、今度は新たな大規模化合物ライブラリから新規結合化合物を見出すことである。ステージ1では 799 個のフラグメント化合物を含むライブラリから結合フラグメントを予測したわけだが(正解のフラグメントヒット数は 46/799 個だった)、ステージ3では 4000 万個以上の化合物を含む大規模ライブラリから結合する化合物を探し出すこととなる。事前にステージ1・2で見出された 46 個のフラグメントヒットよりも更に結合親和性が強いものを見出すことが期待されており、参加者はそのつもりでバーチャルスクリーニングを実施しよう。参加者に与えられている情報は、PHIP2 と各フラグメントヒットの複合体構造の 座標データ と、4000 万化合物以上を含むライブラリの SMILES 情報 となっている。それらを用いて各自 好きな手法で新規結合化合物を予測・提出し、最終的に SAMPL7 運営チームが結晶ソーキング法によるスクリーニングアッセイを実施し実際に結合が評価される。